通知要求，医院尽量采集病例发病早期的呼吸道样本，上呼吸道样本包括咽拭子、鼻拭子、鼻咽抽取物、咽漱液和鼻洗液，下呼吸道样本包括痰液、气管吸取物、肺洗液、肺组织等。可将鼻拭子、咽拭子收集于同一采样管中，以便提高检出率。患者有下呼吸道样本时，应优先采集。样本采集、包装后，用密封容器立即送往实验室。样本抵达实验室后，应尽快进行检测，24小时内能检测的样本可置于2℃～8℃暂时保存，24小时内无法检测的样本则应置于≤-70℃状态保存。
通知明确，在检测过程中对可能出现的假阳性和假阴性进行质量控制时，除了检测商品试剂盒所提供阳性和阴性对照外，每次临床样本检测时，至少应当有1份弱阳性和3份阴性质控样本，随机放在所检测标本的中间。实验完成后，对于出现弱阳性结果的样本应进行重复检测，并注意与可能的实验室轻度或样本交叉“污染”所致假阳性结果区别。
通知要求，各省卫生计生行政部门应组建省级专家组，对医院开展人感染H7N9禽流感病毒核酸检测工作提供技术指导和支持，负责医院实验室核酸检测质量控制工作，并组织本辖区人感染H7N9禽流感病毒核酸检测定点医院检验人员进行培训。